Η ένταση κλιμακώθηκε τις επόμενες μέρες. Στις 28 Ιανουαρίου 1996 το περιπολικό “Αντωνίου” του Πολεμικού Ναυτικού απέστειλε την τουρκική σημαία και ύψωσε την ελληνική. Εκείνο το βράδυ μάλιστα, Έλληνες βατραχάνθρωποι αποβιβάστηκαν στη βραχονησίδα χωρίς να γίνουν αντιληπτοί από τα τούρκικα πολεμικά.

Την επόμενη μέρα, ο τότε πρωθυπουργός Κώστας Σημίτης, με προγραμματικές δηλώσεις από τη Βουλή, έστειλε μήνυμα στην Τουρκία ότι σε οποιαδήποτε πρόκληση η χώρα μας θα αντιδράσει άμεσα και δυναμικά. Μία μέρα αργότερα και συγκεκριμένα στις 30 Ιανουαρίου, η τότε πρωθυπουργός της Τουρκίας, Τανσού Τσιλέρ, δήλωνε ότι την επόμενη μέρα η ελληνική σημαία θα έχει κατέβει από τα Ίμια.

Στις 31 Ιανουαρίου τουρκικές ειδικές δυνάμεις αποβιβάστηκαν στη Μικρή Ίμια. Την ίδια μέρα ελικόπτερο του Ελληνικού Πολεμικού Ναυτικού, που σηκώθηκε προκειμένου να διαπιστώσει την παρουσία των Τούρκων στη βραχονησίδα, κατέπεσε κατά την επιστροφή του στη φρεγάτα Ναυαρίνο με αποτέλεσμα τα τρία μέλη του πληρώματος, ο υποπλοίαρχος Χριστόδουλος Καραθανάσης, ο υποπλοίαρχος Παναγιώτης Βλαχάκος και ο αρχικελευστής Έκτορας Γιαλοψός να σκοτωθούν.

Τη μοιραία νύχτα, οι καιρικές συνθήκες είναι εξαιρετικά δυσμενείς. Έβρεχε συνεχώς και η ορατότητα ήταν πολύ χαμηλή.

Σύμφωνα με όσα έγιναν γνωστά στις 01:15 Τούρκοι κομάντος αποβιβάζονται στη Δυτική Ίμια, στην οποία δεν βρίσκονται ελληνικές στρατιωτικές δυνάμεις. Υψώνουν την τουρκική σημαία.

Το γεγονός επιβεβαιώνεται από ελικόπτερο της Φρεγάτας “Ναυαρίνο”.

Τα μεσάνυχτα πραγματοποιείται στο γραφείο του πρωθυπουργού στη Βουλή σύσκεψη του Κυβερνητικού Συμβουλίου Εξωτερικών και Άμυνας (ΚΥΣΕΑ) και στις 02.00 ενημερώνεται το ΚΥΣΕΑ για την κατάληψη της αφρούρητης βραχονησίδας στα Ίμια από Τούρκους κομάντος.

Στις 5:30 το ελικόπτερο που είχε σηκωθεί από τη Φρεγάτα ΝΑΥΑΡΊΝΟ και είχε εντοπίσει τους Τούρκους κομάντος στην βραχονησίδα Ίμια, επιστρέφοντας συντρίβεται στη θάλασσα. Σκοτώνεται το πλήρωμα του ελικοπτέρου.

Το πρωί, οι υπουργοί Άμυνας και Εξωτερικών, Γ. Αρσένης και Θ. Πάγκαλος, ανακοινώνουν τη συμφωνία που επιτεύχθηκε μεταξύ Αθήνας και Άγκυρας με προσωπική παρέμβαση του Προέδρου των Η.Π.Α., Μπιλ Κλίντον, και του διαμεσολαβητή Ρ. Χόλμπρουκ.
Οι ελληνικές δυνάμεις αποχωρούν από τα Ίμια παίρνοντας μαζί και την ελληνική σημαία. Το ίδιο κάνουν και οι Τούρκοι.

Ακολουθούν πολιτικές αναταράξεις στην Ελλάδα και όπως αποκάλυψε ο Αρχηγός ΓΕΕΘΑ Ναύαρχος Λυμπέρης όταν ρώτησε τον ΥΠΕΞ Θεόδωρο Πάγκαλο τι θα πουν στον ελληνικό λαό σχετικά με την απομάκρυνση της σημαίας απʼ τα ελληνικά Ίμια, ο κ. Πάγκαλος απάντησε: “Θα πείτε ότι τη σημαία την πήρε ο αέρας!”